L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face a une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah a trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-la comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes a dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…